[외부형태]
파충류의 표피는 건조한 것이 특징이며 분비선이 거의 또는 전혀 없다. 비늘은 표피 바로 밑에 있는 진피층에서 형성된다.
[내부구조]
골격
파충류의 골격은 척추동물의 일반적인 형태와 매우 유사하나 환경에 적응함에 따라 다양한 진화양상을 보여준다. 예를 들면 뱀의 경우는 사지골격이 퇴화했고 해양성 파충류의 다리는 지느러미의 모양으로 변형되었다. 현존하는 파충류의 두개골은 포유동물과는 현저히 다르고 특히 아래턱 부위가 뚜렷이 다르다. 파충류의 아래턱에는 많은 뼈가 있는 데 반해 포유동물에는 이것이 단 1개의 뼈로 되어 있다. 파충류의 치골에는 긴 원뿔형의 이가 있다. 독사는 1쌍 또는 여러 쌍의 독아를 갖고 있다. 악어류는 각각 1줄의 윗니와 아랫니를 갖고 있다. 거북류에는 이가 없는 대신 각질의 판이 위아래에 있어 먹이를 물어뜯는 데 이용된다. 많은 종류의 파충류는 두개골과 턱 등의 구조가 특수하게 발달되어 큰 음식물을 삼키는 데 편리하게 되어 있다(→ 무정위운동, 삼킴).
신경계
다른 척추동물과 마찬가지로 파충류의 신경계는 두뇌, 척추신경절, 두뇌와 척추에서 파생된 신경, 감각기관 등으로 구성되어 있다. 파충류의 대뇌는 포유동물에 비해 훨씬 작다.
순환계
현대의 파충류는 심방이 완전하게 나누어져 있다. 대부분의 종은 심실이 완전히 구분되어 있지 않으나 악어류의 경우에는 구분되어 있다. 파충류의 혈액에는 헤모글로빈이 적어서 포유류보다 산소가 적게 공급된다.
호흡계
뱀류의 허파는 매우 간단하여 자루 모양이고 허파벽에 폐포가 분포되어 있다. 도마뱀류·거북류·악어류는 뱀류보다 허파가 발달되었고 표면적이 넓으며 폐포가 많다. 파충류의 호흡은 근육의 수축과 이완작용으로 체내의 용적을 변화시켜 이루어진다.
소화계와 비뇨계
파충류의 소화계는 다른 척추동물과 같이 입·침샘·식도·위·내장·총배설강 등으로 이루어져 있다. 독사의 경우에는 1쌍의 침샘이 독선으로 진화되었다. 고등 척추동물(파충류·조류·포유류)은 발생과정에서 3개의 신장을 순차적으로 갖게 된다.
첫째. 전신(前腎：원신)으로 일종의 흔적기관이며 기능이 별로 없고 발생 초기에 퇴화한다.
둘째, 중신으로 파충류의 경우 정소와 총배설강 사이를 연결하는 관이 된다.
셋째, 후신으로 고등 척추동물의 신장 기능을 한다.
신장의 주요기능은 단백질의 산화에서 생긴 질소노폐물을 걸러내는 것이다. 질소노폐물을 배설하는 기능은 파충류의 종류·습성 등과 밀접한 관계가 있다. 물 속 생활을 하는 파충류는 대부분의 질소노폐물을 암모니아 형태로 배설하고 육상생활을 하는 뱀류나 도마뱀류는 요산으로 배설한다.
파충류는 체내수정을 한다. 옛도마뱀 이외의 파충류는 모두 교미기관을 갖고 있다. 거북류와 악어류의 수컷은 1개의 음경을 갖고 있으나 도마뱀류와 뱀류는 1쌍의 음경을 갖고 있으며 이들을 각각 반음경이라 한다. 반음경은 관 모양이며 꼬리 부근에 있다.
악어류와 거북류의 음경은 교미시 암컷의 총배설강 속으로 삽입되며 뱀류나 도마뱀류의 경우도 암컷의 총배설강 내에 2개의 반음경 중 1개만 삽입하게 된다. 포유류에서와는 달리 정액은 음경의 관을 통하여 전달되지 않고 음경의 표면을 따라 암컷의 총배설강으로 흘러들어간다.
[감각기관]
시각
다른 척추동물과 특별한 구조적 차이는 없다. 거북류, 낮에 활동하는 도마뱀류, 뱀류는 동공이 둥근 모양을 하고 있으며, 악어류와 야행성 뱀류는 세로로 긴 모양을, 나무 위에 서식하는 몇몇 뱀류는 가로로 긴 모양을 하고 있다.
도마뱀붙이의 동공은 특이한 모양을 하고 있어 동공이 수축하면 여러 개의 작은 구멍들이 생겨 겹겹이 쌓이게 된다. 악어류는 윗눈꺼풀을 움직일 수 있으나 뱀류는 움직이지 못한다.
파충류의 시력은 종류에 따라 차이가 있다.
땅속생활을 하는 도마뱀류와 뱀류는 시력이 매우 약하고 낮에 활동하는 종류는 시력이 매우 좋다.
몇몇 종류는 색을 구별할 수도 있다.
청각
파충류의 청각은 다양하게 진화했다. 악어류나 도마뱀류는 청력이 좋으며 뱀류와 거북류는 낮은 주파수에 매우 민감하고 공기 중의 소리보다 땅의 진동소리를 잘 듣는다.
악어류는 일반적으로 날카로운 소리를 잘 들을 수 있으며 이는 주로 먹이와 적을 탐지하는 데 이용되고 짝짓기에도 관여한다.
후각
많은 파충류는 먹이를 찾는 데 후각기관을 이용하며 후각기관으로는 코 안쪽과 입천장에 있는 것 이외에 야콥손 기관을 들 수 있다. 야콥손 기관은 도마뱀류와 뱀류에게는 잘 발달되어 있으나 거북류에서는 소실되었다.
뱀류는 자극을 받으면 혀를 내밀어 날름거리고 다시 입천장에 있는 야콥손 기관에 갖다대는데, 이때 혀에 묻어 있는 화학물질이 전달되어 그 성분을 알게 된다. 몇몇 뱀류와 도마뱀류는 먹이를 찾을 때 전적으로 후각기관에만 의존하고 다른 감각기관은 전혀 사용하지 않는다.
반면에 낮에 활동하는 도마뱀류나 악어류는 먹이를 찾는 데 후각을 전혀 사용하지 않는다. 독사나 비단구렁이 등은 먹이를 찾는 기관으로 머리부분에 특별한 열감지기관을 갖고 있어 포유동물이나 조류를 발견하는 데 사용한다.
온도와의 관계
파충류는 냉혈동물로서 주변의 온도와 밀접한 관계가 있다(→ 냉혈성). 체온이 떨어지면 온도가 높은 장소로 이동해야 하며 그렇게 하지 못했을 경우 활동을 할 수 없게 된다.
반대로 주위온도가 너무 높아도 생활에 지장이 생기게 되어 온도가 낮은 곳으로 이동해야 한다. 파충류는 각기 나름대로의 적정온도 범위가 있다. 어떤 종은 29~32℃가 최적온도이며, 어떤 종은 24~27℃가 최적온도이다. 이에 따라 서식처나 활동시간이 달라진다(→ 온도수용).
